ความถี่ในการฆ่าเชื้อหูฟังจะขึ้นอยู่กับสถานการณ์การใช้งานและสภาพแวดล้อม:
ในแผนกผู้ป่วยนอกทั่วไป หากใช้หูฟังตรวจฟังของแพทย์สำหรับผู้ป่วยทั่วไปเท่านั้น และไม่มีการปนเปื้อนที่ชัดเจน แนะนำให้ฆ่าเชื้อ 1-2 ครั้งต่อสัปดาห์
ในแผนกต่างๆ เช่น แผนกกุมารเวชและแผนกทางเดินหายใจ ที่มักสัมผัสกับเชื้อโรคติดเชื้อได้ง่าย หรือในพื้นที่พิเศษ เช่น แผนกโรคติดเชื้อ และห้องผู้ป่วยหนัก ควรดำเนินการฆ่าเชื้อหลังการใช้งานแต่ละครั้ง
หากใช้หูฟังตรวจหัวใจกับคนไข้หลายคนในช่วงเวลาสั้นๆ ควรฆ่าเชื้อหลังการใช้งานแต่ละครั้ง แม้ว่าจะเป็นเพียงช่วงสั้นๆ ก็ตาม